בישראל בעיית זיהום המים נפוצה בשל חוסר עמידה בתקנים.
הזרמת שפכים ביתיים ותעשייתים לנחלים נהרות ולים, חלחול חומרי דשן ועוד,  משנים את הרכב המים.בעיות אילו עולים שוב ושוב